Исходное, полное словосочетание: в двух случаях из пяти случаев. Если одно из двух существительных отсутствует, то второе сохраняет ту падежную форму, какую оно имеет в в полном варианте.

На сайте ведутся технические работы. Приносим извинения на неудобства! Поверьте, нам тоже недостает словарей «Грамоты». С нетерпением ждем, когда заработает словарный раздел. Предлагаем воспользоваться словарями на сайте «Словари.ру».

Сочетание в скобках ставится в ту же форму, что и сочетание в основной части предложения: выпускную квалификационную работу (дипломную работу). Чтобы избежать повторения слова, рекомендуется отредактировать фрагмент: выпускную квалификационную (дипломную) работу.

Можно назвать фразой, цитатой, монологом.

Прошел проверку и принят — однородные сказуемые, которые соединяются союзом и. В этом случае запятая перед и не ставится.

Географические названия, использованные в переносном смысле для обозначения какой-то территории, в чем-то похожей на ту, которая официально названа данным именем собственным, обычно кавычками не выделяются. Ср.: Во многих российских городах есть свой Арбат. 

Да, это однородные сказуемые. Однородными являются члены предложения, выполняющие одну и ту же синтаксическую функцию и связанные сочинительной или бессоюзной связью. Однородные члены могут иметь разное морфологическое выражение (являться словами разных частей речи).

Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».

Да, рекомендации в словарях и энциклопедиях разнятся. Представляется разумным такой подход. Кавычки ставятся с целью предупредить неверное понимание слова, поэтому, если из контекста понятно, что речь идет о заболевании, кавычки можно смело опустить: эпидемия испанки. Если же контекст допускает разные толкования (например: в этой статье автор рассказывает об испанке), кавычки лучше поставить, они снимут неоднозначность.