Сочетание не сомневаюсь нужно выделить как вводное — с его помощью говорящий выражает высокую степень уверенности в сообщаемом. С точки зрения синтаксиса приведенный пример интересен тем, что это вводное сочетание находится внутри другой вводной конструкции — предложения как вы знаете, указывающего на источник сообщения: ...как вы, не сомневаюсь, знаете...
Ваш вариант расстановки знаков препинания корректен.
Оба варианта верны.
Верно: обязанности по оформлению документации.
Существуют обе формы слова доплата - единственного и множественного числа.
Верно: контроль за исполнением и ответственность за исполнение.
Оба варианта правильны.
Варианты искренно и искренне абсолютно равноправны, «более правильного» и «менее правильного» среди них нет. В устойчивом выражении искренне Ваш употребляется только вариант искренне.
Запятая нужна, поскольку здесь есть прямое сравнение.
