Такое несоответствие, действительно, есть. Пункт «Правил русской орфографии и пунктуации», в котором говорится о необходимости писать первая мировая война, вторая мировая война строчными буквами, устарел и не соответствует современной письменной норме (рекомендация писать эти сочетания строчными во многом была обусловлена идеологическими причинами); сегодня словари фиксируют Первая мировая война, Вторая мировая война. Но вот только устаревшим источник назвать нельзя: «Правила русской орфографии и пунктуации», принятые в 1956 году, по-прежнему являются официально действующим сводом правил русского правописания.
Такое недоразумение – официально действующие правила правописания, в ряде случаев значительно отстающие от современной практики письма, – можно устранить только одним способом: утвердить в качестве официального обновленный свод правил (никаких революций и реформ, разговорами о которых любят нас пугать работники СМИ, при этом не потребуется: достаточно всего лишь сформулировать заново некоторые – немногочисленные! – пункты правил правописания, исходя из потребностей сегодняшего дня). Работа над новым сводом правил русского правописания была начата около 10 лет назад, но потом была приостановлена на неопределенный срок по независящим от лингвистов обстоятельствам.
Сочетание ганзейский город (в отличие от сочетания Ганзейский союз) не является официальным названием, поэтому нет оснований писать его с большой буквы. Это касается и употребления сочетания в названии российской организации.
В неспециальных текстах названия сортов растений, овощей, фруктов заключаются в кавычки и пишутся со строчной буквы (в том числе и имена собственные): слива «кубанская легенда», «стенлей».
В специальной литературе в названиях сортов растений, овощей, фруктов, цветов первое слово (и все имена собственные) пишется с прописной буквы: слива Кубанска легенда, Стенлей.
Если речь идет о конкретной книге, то кавычки нужны; если о типе книги (сборнике образцов для составления писем разного содержания), то правильно написать со строчной буквы без кавычек.
Корректно: Поднял руку, показывая спутникам: «Тихо!»
В приведенных Вами контекстах (то есть не в терминологическом значении 'космос со всеми космическими объектами как единое целое') слово вселенная лучше писать со строчной буквы. Такое написание подчеркнет смысловой сдвиг – употребление слова в нарицательном значении "весь мир художественного произведения или автора". По нашим наблюдениям, в подобном значении преобладает именно написание со строчной буквы.
Корректно писать со строчной буквы.
Если сочетание ковид-центр используется как родовое наименование (ср. со словами больница, поликлинка), то правильно написание со строчной буквы. Однако специализированному медицинскому центру могут дать официальное название Ковид-центр. Название такого учреждения нужно будет писать с заглавной буквы.
Нет оснований писать слова нептунианский и солнечный с большой буквы.
Корректно написание со строчной буквы, однако в нехудожественных текстах (в документации военных, научных и научно-популярных работах) возможно осмысление подобных оборотов как собственных имен и написание с прописной.