Единого ответа на все случаи употребления производного предлога согласно дать невозможно. Обстоятельственные обороты с производными предлогами могут обособляться или не обособляться в зависимости от разных условий. Так, они обычно обособляются, если находятся не в начале и не в конце предложения, например (позволим себе немного перестроить исходное предложение): Начальнику...ФИО организовать, согласно плану, проведение работ. Здесь оборот с предлогом согласно близок к вводной конструкции, указывающей на источник информации.

В приведенном Вами примере сочетание находится в конце предложения. Такой порядок слов указывает на то, что важна не сама по себе организация проведения работ, а их организация согласно плану, то есть на обстоятельственный оборот падает логическое ударение. Значит, в данном случае запятая не нужна: Начальнику...ФИО организовать проведение работ согласно плану.

Вы правы: написание с одной Н влечет за собой (или отражает) смысловые изменения.

Очевидно, что в договоре допущены пунктуационные ошибки. Расстановка знаков препинания в этом виде противоречит здравому смыслу.

Запятая не ставится ни до, ни после союза и, т. к. союз соединяет однородные придаточные предложения.

Правильно: в течение 3 дней.

Если существительные обозначают технические устройства, то оснований считать их одушевленными нет. Впрочем, современные сложные технические устройства, такие как роботы, могут не восприниматься в качестве неживых предметов. Нетвердая оценка объекта как живого или неживого ведет к вариантности падежных форм существительных.

Выделение оборота, начинающегося с согласно, не обязательно, однако возможно. Поэтому корректны такие варианты: 1. Нужно иметь в виду, что согласно Налоговому кодексу РФ суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), подлежат вычетам; 2. Нужно иметь в виду, что, согласно Налоговому кодексу РФ, суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), подлежат вычетам. 

В вашем предложении запятые расставлены правильно, но есть орфографическая ошибка: в надлежащем состоянии.  

Если сочетание локальными правовыми актами зависит от глагола руководствоваться, то есть соединено союзом и с сочетанием Порядком выбора подрядчика (исполнителя) при осуществлении закупок работ (услуг), то запятые расставлены верно.

В указанной позиции необходима запятая, она закрывает причастный оборот. Если не поставить запятую, получится, что сочетание на 3 л. в 2 экз. характеризует не лицензию, а коммерческую тайну.