Правильно: Однако перечень, сформированный в подпункте 19.6 НК РФ, не соответствует перечню организаций, указанных в подпункте... 

В этом случае приложения неоднородны, запятая не нужна. Обратите внимание, что почетное звание пишется с прописной буквы: Герой Советского Союза адмирал И. И. Иванов.

Возможны варианты: и. о. директора (разные исполняющие обязанности директора одной организации), и. о. директоров (разных организаций).

Написание сложносокращенных названий, типа Внешэкономбанк, зависит от того, государственную или коммерческую организацию называет данное слово. Не заключаются в кавычки названия государственных учреждений. Соответственно, если Транскапиталбанк – это госучреждение, то кавычки не ставятся, если же коммерческая организация, то кавычки нужны.

Другие приведенные Вами названия не являются сложносокращенными, поэтому на них данное правило не распространяется. Они заключаются в кавычки, если представляют собой условные наименования. Подробнее об этом можно прочитать в «Письмовнике». Заключать в кавычки приведенные названия банков нужно только при указании организационно-правовой формы:  Московский индустриальный банк, но ООО  «Московский индустриальный банк».

Представитель России - тот, кто представляет Россию (страну, государство). Представитель (компании, фирмы, организации) из России - тот, кто представляет компанию, фирму, организацию, расположенную в России.

Наименования самостоятельных подразделений образовательных организаций (институтов, колледжей и т. п.), как правило, пишутся с прописной буквы. Однако в каждом конкретном случае требуется уточнять написание в уставе соответствующей организации.

Сочетания с одной стороны, с другой стороны обособляются как вводные, когда речь идет о разных точках зрения на что-либо, когда противопоставляются разные обстоятельства, мнения, утверждения (с одной стороны, он прав, с другой стороны, это еще надо доказать). 

В рассматриваемой конструкции не идет речь о разных точках зрения, не противопоставляются какие-либо факты или мнения. Здесь существительное сторона употребляется в знач. 'человек, группа людей, организация и т. п., противопоставленные в каком-либо отношении другому человеку, другой группе лиц, организации и т. п.', ср.: враждующие стороны, договаривающиеся стороны, прения сторон и т. д. Никаких оснований для постановки запятых в данном случае нет.

Тогда лучше написать служебный транспорт - так, кажется, понятнее.

Да, могут.

Запятые нужны, но обратите внимание, что дополнение в данном случае не следует отрывать от причастия. Корректно:  ГУП "Ромашка", организация, подведомственная Департаменту... города Москвы, выполняет работы...