Запятая на стыке союзов не ставится по основному правилу: Она смеялась, кричала и если бы он в этот момент находился в комнате, то еще и плакала бы.

Норма русского языка: поняли. Но мы не уверены, что распространенный у Вас на работе вариант – именно ошибка (незнание нормы). Можно предположить, что кто-то один употребил это слово с ударением на последнем слоге в шутку (или оговорился), а другие включились в языковую игру.

Нет, здесь возможно только раздельное написание. Можно перестроить фразу, например: Вопреки п. 2 протокола не исполнено поручение...

Точка в любом случае ставится за закрывающей кавычкой: «Думаю в кавычках любым числом предложений. Тут уже не понять».

Сочетание дают влияние выглядит странно. Сравним предложения, приводимые в «Большом толковом словаре русского языка» в качестве примеров употребления слова влияние в значении «сила авторитета, власти»: Человек с большим влиянием в обществе. Подчинить своему влиянию кого-л. Выйти из-под влияния кого-л. Находиться под чужим влиянием. Использовать всё своё в. Возможно, стоит отредактировать предложение так: Видят тех, кто двигает процесс, — таким сотрудникам дают больше свободы, они приобретают большее влияние. 

Ваш вариант правки оптимальный.

Географическое название, употребленное с родовыми наименованиями город, село, деревня, хутор, река и др., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование.

Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают.

Кроме того, обнаруживают тенденцию к несклоняемости приложения-топонимы среднего рода, оканчивающиеся на -е, -о (с родовым словом): между селами Молодечно и Дорожно.

Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом. Подробнее см. в "Письмовнике".

Таким образом, верно: в городе Полярном, в городе Кириллове, в городе Бабаево, в селе Ферапонтово, в селе Хвалевском, в селе Спасское-Куркино.

Если родовое слово сокращено до г. или с., правила те же, что и со словами город и село.

Запятая не ставится, т. к. части сложносочиненного предложения объединены вопросительной интонацией (в состав сложносочиненного предложения входят вопросительные предложения). См.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Пунктуация. М., 2003 (и более поздние издания). Параграф 30, пункт 3.

Запятая после слова например не нужна.

Вы не вполне правы. В параграфе 43 «Правил русской орфографии и пунктуации», изданных в 1956 году (как, впрочем, и в параграфе 73 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации», изданного в 2006 году), речь идет об орфографии — о том, что в этих формах пишется окончание -ом, а не -ым. Родовые слова приведены здесь, как представляется, скорее для ясности — что это селом Крюковом, а не гражданином Крюковым. Кстати говоря, в 1956 году все-таки столь сильной тенденции к несклоняемости, как сейчас, еще не было, такой пример вполне мог соответствовать книжно-письменной речи того времени.

А в «Письмовнике» речь идет о грамматике — о том, что в современной речи при наличии родового слова названия на -ово, -ево, -ино, -ыно не склоняются. Но если бы мы их стали склонять, воспроизводя старые грамматические нормы, то в этом склоняемом варианте, в соответствии с орфографическим правилом из параграфа 43 Правил-1956 и параграфа 73 полного академического справочника, писали бы окончание -ом: «История села Горюхина» — под селом Горюхином.