Допустимы оба варианта. Написание со строчной буквы (без кавычек) преобладает. Исключение составляет сфера официальных документов, там достаточно распространено написание с заглавной буквы.
Со словом года верно: с 2000 года.
Академический орфографический ресурс «АКАДЕМОС» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН фиксирует написание иноагент.
Корректно строчными: второй сталинский удар.
Слово подворье следует писать со строчной. Вы написали верно.
В данном случае необходимо использовать предлог «с», поскольку Мальта - это островное государство, и, выезжая с него, мы покидаем его территорию. Если же речь идет о выезде из города Мальта, то в этом случае используется предлог «из».
Правильно: с размером 2,5×3,5 метра.
Верно: со входящими. См.: dnu">http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=kodnu
Корректно: здание Рейхстага (=Рейхстаг).
Такое сочетание корректно, но это не единственный возможный вариант (окончить школу - тоже верно).
