Знак препинания между частями этого бессоюзного сложного предложения зависит от того, какие отношения устанавливает в нем пишущий: 1) Оператор проводит анализ заказа: отсутствуют две ванночки для краски (вторая часть указывает на причину того, о чем говорится в первой); 2) Оператор проводит анализ заказа — отсутствуют две ванночки для краски (во второй части предложения заключено указание на результат, следствие).

Компоненты оглы, кызы при склонении остаются неизменными, остальные части имени склоняются по общим правилам (важно помнить, что мужские имена и фамилии, оканчивающиеся на согласный, склоняются, женские – нет). Правильно: Гусейнова Вахида Юсуфа оглы, Гусейнову Вахиду Юсуфу оглы и т. д.; Гусейновой Заремы Юсуф кызы, Гусейновой Зареме Юсуф кызы и т. д. Аналогичные примеры см. в «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко.

Корень приведенных Вами слов — скворч-. В этом корне ч чередуется с ц и появляется беглый гласный е, ср.: скворец, скворечник. От слова скворец образуется существительное скворушка (суффикс -ушк-), при этом сочетание ец, которое является суффиксом только исторически, усекается. Об истории слова скворец можно прочитать в статье «Большого универсального словаря русского языка» под ред. В. В. Морковкина. Обратите внимание: слово скворчонок пишется с гласной о.

Обстоятельственное сочетание в семье потомственных физиков можно считать уточнением обстоятельства в Дубне (уточнение — это переход от более широкого понятия к более узкому); в этом случае логическое ударение будет нести как одно, так и другое обстоятельство. Однако обстоятельство в Дубне само по себе достаточно конкретно, а потому в обязательном уточнении не нуждается. Без запятой логическое ударение будет нести только обстоятельство в семье потомственных физиков.

Да, можно. См., например: К слову сказать, она слишком громко плакала, когда расставались у причала и когда за ней уже по пятам ходил местный ее муж, — могло дойти до скандала... [Владимир Маканин. Человек свиты (1988)]; Дело иногда доходило чуть ли не до скандала, но заканчивалось тем, что материалы других авторов принимали, а его нет [Юрий Никулин. Как я учился ходить (1979)] и др. 

Эти слова синонимичны, однако историки языка (см., например: https://rep.vsu.by/bitstream/123456789/26010/) отмечают, что надо и нужно  отличаются по степени категоричности суждения: надо имеет выраженный оттенок желательности, тогда как нужно используется для подчеркивания обязательности исполнения предлагаемого действия (Если вам надо сделать что-либо, значит, вам необходимо, нужно сделать это). Возможно, именно поэтому надо чаще используется в неформальной речи, а нужно — в речи официальной. 

Правилен первый вариант. В сочетаниях с количественными числительными употребляется особая форма родительного падежа множественного числа — лет, например: два года, до двух лет, двум годам... пять лет, пяти лет, к пяти годам... В некоторых словарях эту форму называют счетной, она существует параллельно с формой годов, ср.: люди тридцатых годов и прошло тридцать лет. Ср., например, грамматические сведения о слове год в орфографическом и толковом словарях.

Падеж словоформы врача в этом контексте установить невозможно: вопрос кого? не различает винительный и родительный падежи. Глагол бояться действительно может присоединять в качестве зависимого слова одушевленное существительное в винительном падеже (боюсь маму). Правда, следует заметить, что, согласно справочнику Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке», такой вариант (бояться кого) имеет разговорную окраску. Нейтральная форма зависимого существительного при глаголе бояться — форма родительного падежа (боюсь мамы). 

Слитно пишется наречие вначале, его обычно можно заменить на «сначала», «сперва», «в первое время», ср.: вначале (= в первое время) работа шла трудно; вначале (=сперва) скажи, а потом — бей. Пишется раздельно сочетание предлога в и существительного начало, которое управляет другим существительным: в начале (чего?) года, рассказа; в начале начал. Раздельное написание в сочетании в начале было Слово нужно запомнить.

Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло.