Верно: было положено начало (чему?) большой работе.
Оба варианта правильны, но вариант консультант по вопросам питания имеет некоторый канцелярский, официальный оттенок. Для живой речи характерно скорее Мой консультант по питанию посоветовал, чем Мой консультант по вопросам питания посоветовал...
Оба варианта — защита по «сухому ходу» и защита по «сухому» ходу — могут быть корректными, решение зависит от контекста. Если сухой ход рассматривается как единое понятие или термин, то кавычки можно ставить вокруг всего выражения: «сухому ходу». Если же выделяется именно слово сухой, то уместно оставить кавычки только вокруг него.
Верно: по реке Сене.
Запятая не нужна. Если Вы хотите избежать разночтений, лучше перестроить предложение: И все оскорбившие его отправятся по доносу в неолиберальный ГУЛАГ.
Именно форма предложного падежа указана в словарях как нормативная: по (ком-чём?) окончании, истечении, прилете.
Верно: далее - филиал.
Запятая нужна. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
Да, обороты со словами по данным, по сведениям (кого-либо, чего-либо, чьим-либо) обособляются как вводные.
Лучше написать "после выпуска" или "по окончании учебы".
