Так можно переносить слово.

В придаточной части сложного предложения нужно использовать частицу НИ.

Приведем словарную статью для слова алфавит из школьного этимологического словаря «Почему не иначе?» Л. В. Успенского.

Алфави́т. Помните, что мы говорили о нашем слове «азбука»? Оно — точная копия греческого «alfabetos»: оба слова построены совершенно одинаково.

Две первые буквы греческого письма звались «альфа» и «бета». Их история не простая; они были получены греками от финикийцев вместе со всей финикийской, семитической, письменностью. Письменность эта была некогда иероглифической. Каждый иероглиф назывался словом, начинавшимся со звука, который обозначался этим значком.

Первый в их ряду имел очертания головы быка; «бык» — по-финикийски «алеф». Вторым стоял рисунок дома; слово «дом» звучало как «бет». Постепенно эти значки стали означать звуки «а» и «б».

Значения финикийских слов греки не знали, но названия значков-букв они сохранили, чуть переделав их на свой лад: «альфа» и «бета». Их сочетание «альфабе́тос» превратилось в слово, означавшее: «обычный порядок букв», «азбука». Из него получилось и наше «алфавит». Впрочем, в Греции было такое время, когда слово «альфабетос» могло звучать и как «альфавитос»: в разные времена жизни греков они один и тот же звук произносили то как «б» то как «в».

Предложение необходимо перестроить так, чтобы каждое существительное стояло в правильной форме. Ваш вариант (Разработка аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени, контроль над этой системой и управление ею...) с этой точки зрения корректен.

В идеале, если возможно, стоит избегать и нанизывания родительных падежей (аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени).

В отношении слов, приведенных Вами, правила не менялись. Возможны такие переносы: ка-лька, каль-ка и се-мья. Переносить или оставлять на строке одну букву нельзя, поэтому перенос семь-я неправильный.

В полном академическом справочнике  «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.) был смягчен пункт правила о переносе слов с приставками: ранее требовалось при переносе учитывать границу приставки и корня, в справочнике 2006 года такой перенос был охарактеризован как предпочтительный, перенос без учета морфемного шва был признан допустимым. Однако школа должна учить предпочтительному варианту. Поэтому на школьном минимуме изменения не отразились. Правила 1956 года можно прочитать здесь, а правила 2006 здесь. 

Деление слова на слоги и на части для переноса совпадает лишь отчасти. Принципы деления слова на слоги не менялись.

Соотносительное слово то в этом случае совсем не обязательно. Чаще пишут и говорят: учитывая, что...

Здесь возможно интонационное тире как факультативный (необязательный) знак.

Предложенные Вами варианты переноса возможны. Слова с точки зрения обособляются как вводные, только если речь идет о чьей-либо точки зрения. Ср.: С точки зрения Иванова, все люди несчастны. С философской точки зрения Иванов прав.