1. Корректно написание со знаком тире: врач — аллерголог-иммунолог. Однако в приведенном Вами примере 1 тире отделило бы конструкцию главный внештатный детский специалист  от конструкции Министерства здравоохранения, что нарушило бы логику и грамматику высказывания; в приведенном Вами примере 2 тире возможно. 

2. Победителем стал Иванов В.В. — ученик Горно-Алтайской детской школы искусств. 

Корректно так.

Диплом
Награждается
Кристина Корсунская,
выпускница образцового детского коллектива
«Танцевальный ансамбль «Санта Лючия»,
лауреата многочисленных окружных, городских, всероссийских, международных фестивалей и конкурсов.

Нужно писать раздельно. Вот общее правило на этот счет:

"Недопустимо слитное или дефисное написание с приставкой или первой частью сложного слова, если вторая часть содержит пробел, т. е. представляет собой сочетание слов. В этих случаях слитные или дефисные написания, рекомендуемые основными правилами, должны заменяться раздельными. Например, следует писать: лже доктор наук, псевдо произведение искусства, теле круглый стол, мини стиральная машина; экс Советский Союз, псевдо Ван Гог, пол рабочего дня, пол столовой ложки, пол Московской области; то же в парных конструкциях с полу: полудеревни — полу дачные посёлки, полусанаторий — полу дом отдыха, полупародия — полу литературный фельетон, полуясли — полу детский сад".

Непроизносимые согласные встречаются не только в корне, но и на стыке двух суффиксов. Полного списка слов не существует, в том числе потому, что во многих случаях возможно вариативное произношение: подмо[стк]и и подмо[ск]и. Вот список буквосочетаний (не исчерпывающий), в которых встречаются непроизносимые согласные: -стн- (властный), -стл- (завистливый), -стск- (альпинистский), -стс- (бестселлер), -стк- (жесткий), -стг- (бюстгальтер), -стб- (пастбище), -стм- (пластмасса), -стц- (крестцовый), -стьс- (шестьсот), -скск- (баскский), -нтск- (гигантский), -нтств- (агентство), -нтц- (ташкентцы), -ндс- (виндсерфинг), -ндл- (ньюфаундленд), -ндж- (Лос-Анджелес), -ндсп- (брандспойт), -ндск- (ирландский), -ндц- (голландцы), -ндш- (ландшафт), -ндшт- (мундштук), -ндк- (шотландка ‘ткань’), -нтг- (рентген), -нтш- (регентша), -здн- (поздний), -здк- (громоздкий), -рдц-, -рдч- (сердце, сердчишко), -ргск- (выборгский), -вств- (здравствуйте), -штц- (будапештцы), -лнц- (солнце).

Запятая нужна. См. параграф 136 «Правил русской орфографии и пунктуации».

Можем предположить, что Вы без труда встретите написания типа *придти, *будующий и т. п., однако это не означает, что они соответствуют норме. 

Приложение выделяется запятыми с двух сторон, знаки препинания расставлены верно.

По рекомендации орфографического словаря: диакониса. По аналогии: канониса.

Многие имена существительные мужского рода с непроизводной основой на твердый согласный (кроме шипящих) имеют в родительном падеже множественного числа так называемое нулевое окончание. Сюда относятся:

1)      названия предметов, употребляющихся обычно парами: ботинок, валенок, мокасин, сапог (но: сапогов-скороходов), чулок (но: носков); (без) погон, эполет;

2)      названия некоторых национальностей, главным образом с основой на н и р: англичан, армян, балкар, башкир, болгар, бурят, грузин, лезгин, мордвин, осетин, румын, сарацин, туркмен, турок, хазар, цыган; последний из могикан; но: бедуинов, берберов, бушменов, негров, сванов, калмыков, киргизов, мегрелов, монголов, ойротов, таджиков, тунгусов, узбеков, хакасов, хорватов, якутов; колебания: сарматов – сармат и некоторые другие;

3)      названия воинских групп, прежних родов войск и т. п.; (отряд) партизан, солдат; но: минеров, мичманов, саперов; при собирательном значении – рота гренадер, гардемарин, кадет; эскадрон гусар, драгун, улан; полк кирасир, рейтар; – (трех) гренадеров, гусаров, гардемаринов, драгунов, кадетов, кирасиров, рейтаров, уланов;

4)      некоторые названия единиц измерения, обычно употребляющиеся с именами числительными (так называемая счетная форма): (количество) ампер, ватт, вольт, ньютон, аршин, ангстрем, герц, гран, эрстед; равноправные варианты: микронов – микрон; омов – ом; рентгенов – рентген; граммов – грамм; килограммов – килограмм; каратов – карат; кулонов – кулон; эргов – эрг; полные формы: кабельтовых (от кабельтов).

Окончание -ов сохраняется в формах: абрикосов, апельсинов, бананов, мандаринов, помидоров, томатов, баклажанов. В устной речи обычно используются усеченные формы (без окончания -ов): килограмм помидор, полкило мандарин.

Наблюдаемые колебания в формах георгин – георгинов, жираф – жирафов, рельс – рельсов вызваны наличием в единственном числе параллельных форм: георгин, жираф, рельс и (у ботаников) георгина, (устарелые) жирафа, рельса.

Разные формы имеются у слов-омонимов. Так, рожо́к (пастуший, детский и т. п.) образует во множественном числе формы рожки́ – рожко́в; рожо́к (уменьшит, к рог) имеет формы ро́жки – ро́жек; от глазо́к (почка у растений; отверстие для надзора) – глазки́ – глазко́в; от глазо́к (уменьшит, к глаз) – гла́зки – гла́зок.