Если слово Эбола употреблено без родового слова, его нужно склонять: с Эболой шутки плохи. В сочетании с родовым словом не склоняется: о вирусе Эбола, симптомы лихорадки Эбола.

Соответствующее правило не сформулировано в справочниках. Подробнее см. ответ на вопрос № 326618.

Процесс «срастания» нескольких морфем в одну морфему называется опрощение. Опрощение не происходит одномоментно: вчера были приставка и корень, а сегодня стали одним корнем. Поэтому на вопрос, в какой момент произошло опрощение в том или ином слове, ответить в принципе невозможно. Язык меняется постепенно, со сменой поколений его носителей.

Кое-кто (в основном люди постарше и начитанные дети), конечно, чувствуют связь слова недоразумение со словами ум, разум, знают о существовании приставки недо- (которая, кстати, тоже появилась в результате опрощения). Но чтобы выделить корень и подобрать однокоренные слова, недостаточно просто найти слова с похожими звуковыми фрагментами, нужно еще объяснить связь по значению. Иначе говоря, общий корень – это еще и общий семантический компонент. Слова дом, домовой, домик, домишко обладают общим корнем дом, т. к. тем или иным способом соотносятся по значению со словом дом: домовой – добрый или злой дух, живущий в доме, домик – это маленький дом и т. д.

Значение слова недоразумение трудно свести к разуму. Вот словарные толкования: 1) ошибочное, неполное понимание чего-л.; то, что произошло в результате такого понимания; 2) отсутствие взаимного понимания, несогласие; конфликт. А слово разуметь, как Вы правильно заметили, не является частотным в языке. Утрата языком производящего или однокоренного слова, наряду с утратой смысловых связей между когда-то однокоренными словами, часто становится причиной опрощения.

То, что часть носителей языка еще ощущает смысловую и структурную связь слов разум, ум, разуметь, разумение, недоразумение, говорит о том, что процесс опрощения еще не завершен. 

Четкой границы между сленгом и арго не существует. В данном случае, видимо, правильнее говорить все же о сленговых словах (сниженно-жаргонных обозначениях вместо общеупотребительных).

блю́-дце

[бл’у́ццэ]

б ― [б] согласный, звонкий (парный), твердый (парный);

л ― [л’] согласный, непарный звонкий, сонорный (всегда звонкий), мягкий (парный);

ю ― [у] гласный, ударный;

д ― [ц] согласный, непарный глухой, твёрдый (непарный, всегда произносится твёрдо);

ц ― [ц] согласный, непарный глухой, твёрдый (непарный, всегда произносится твёрдо);

е ― [э] гласный, безударный;

6 букв, 6 звуков, 2 слога.

 Существуют разные взгляды на звуковое оформление сочетаний тц и дц. Звук ц может иметь разную длительность, а его артикуляция начинается со смычки как у звуков т и д. Поэтому некоторые фонетисты предлагают иное звуковое описание буквосочетания дц. Сочетание может быть затранскрибировано как [тц], также вместо записи [цц] может быть использован знак длительности согласного [ц:]. В беглом произнесении возможен вариант блю[ц]е. 

Алгоритм прост. Нужно взять толковый словарь; если в словаре соответствующие значения относятся к разным словарным статьям, то данные слова - омонимы. Если значения объединены в одной словарной статье, то это многозначное слово. Вперед, за словарь!

Существительное – колит, глагол – колет.

Да, мужская фамилия Котик склоняется.