Корректно: Просим Вас в случае особых требований от заказчика указывать в служебной записке, какие именно отличия от стандартных артикулов обуви присутствуют в данном заказе. Запятая нужна на границе частей сложного предложения.

Русский язык допускает оба варианта, но во втором соблюден естественный порядок слов: определить (что?) наличие (чего?) посторонних частиц (в чем?) в жидкости.

В контексте «В заключение хочу сказать...» слово заключение может являться как частью предлога в заключение (с существительным, застывшим в форме винительного падежа), так и существительным в форме предложного падежа (в заключении). Ср.: в заключение (чего) (под конец, заканчивая); но: в заключении (в заключительной части; в тюрьме). 

Да, так. Причем "представляет" можно заменить на "предъявляет".

С синтаксической точки зрения во всех случаях перед нами конструкция с придаточным что захочешь / что хочешь. Утверждение об идиоматичности выражения всё(,) что хочешь может быть подвергнуто сомнению. Стоит, правда, обратить внимание на то, что в вопросах, заданных Справочной службе, фигурируют разные глаголы: хотеть и захотеть. Первый из них, несовершенного вида, обладает гораздо большей употребительностью, чем второй. Поэтому всё(,) что хочешь было бы легче признать идиомой, чем всё(,) что захочешь, — если бы не одно препятствие. Дело в том, что в этих выражениях идиоматичности ровно ноль: их смысл полностью соответствует смыслу компонентов, из которых они состоят. И в этом их существенное отличие от всё что угодно / что душе угодно / что душа пожелает: используя эти выражения, говорящий не думает ни о какой душе и даже ни о какой-либо угодности кого-л. / чего-л. кому бы то ни было. Поэтому выражения этой серии можно признать идиомами, а выражения с глаголами хотеть / захотеть — нет. Вывод: запятая в примерах, фигурирующих в вопросах, нужна.

Внятный критерий, который следует учитывать, решая вопрос о постановке/непостановке запятой в выражениях такого типа, — наличие идиоматичности. Только она может отменить запятую в сложноподчиненной конструкции. А наличие идиоматичности выявляется путем проверки на композициональность семантики. Если смысл выражения равен сумме смыслов его компонентов, то его семантика композициональна, идиоматичности нет. Если же семантика некомпозициональна, то можно говорить об идиоматичности.