СО РАН (отделение) обязано.
Название института предпочтительно заключить в кавычки и не склонять: Учреждение Российской академии наук «Институт физики твердого тела», Учреждению Российской академии наук «Институт физики твердого тела», Учреждением Российской академии наук «Институт физики твердого тела».
Корректные варианты: 1) по отделению «Науки о Земле» в секцию «Океанология, физика атмосферы и география»; 2) по отделению наук о Земле в секцию океанологии, физики атмосферы и географии.
На родовую принадлежность влияет внешний облик этого слова: вуз — звуковая аббревиатура, пишется по традиции строчными, склоняется, т. е. она максимально «похожа» на обычное имя существительное второго (по школьной грамматике) склонения. Облик слова в данном случае оказался важнее опорного слова заведение.
Указанная запятая нужна.
Верно.
Правильно: окончил.
