В примечании 6 к параграфу 5.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя говорится, что тире между подлежащим и именным сказуемым обычно не ставится, если сказуемое предшествует подлежащему: Славное место эта долина! (Л.); Неплохой ученик этот мальчик и т. п. По этому правилу тире в приведенном предложении действительно не нужно: Хорошая болезнь чесотка. Впрочем, тире может быть поставлено, если автор решил подчеркнуть интонационное деление предложения на два состава, сравним: Славные люди — соседи мои! (Н.); Психологический курьёз — моя мать (Ч.).

Наречие фактически не требует постановки знаков препинания. Поскольку в предложении оно находится между однородными подлежащими Миша и Вова с одной стороны и сказуемым братья с другой, тире в предложении не ставится (см. пункт 7 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Миша и Вова фактически братья, так как с раннего детства росли вместе. 

Закрыть придаточную часть нужно обязательно.

Обе части этой бессоюзной конструкции представляют собой так называемые эллиптические предложения (самостоятельно употребляемые предложения с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен. 

В этом предложении нужно обособить причастный оборот, в других позициях запятые не нужны: Достоверность сведений, указанных в исполнительном документе, подтвердил секретарь судьи Ивановой М. А. — Кузнецов И. В. по телефону 8(ХХХ)ХХХ-ХХ-ХХ.

Действительно, в этом предложении частица не относится не к сказуемому-существительному обитатели, а к определению единственные. Такие случаи не кодифицированы справочниками по русской пунктуации.

Тире в бессоюзном сложном предложении ставится, если имеется в виду причинно-следственная связь: Этот мальчик был самым красивым на земле — (= поэтому) сердце трепетало в груди.

В таких предложениях первое существительное составляет особую конструкцию, называемую именительным темы. При тесной связи с основным предложением (эта связь выражается местоимением в качестве слова-отсылки) именительный темы отделяется тире, но допустима и запятая.

В контексте характеристики чего-либо (а пример именно таков) сочетание по сути имеет значение «в целом, в отвлечении от частностей», играет роль обстоятельства и не обособляется, так что отделять его каким-либо знаком от предложения не нужно.

Запятая перед тире нужна: она закрывает причастный оборот.