Корректно без запятой: Ботанически помидор — это ягода. Наречия типа ботанически синонимичны сочетаниям типа с ботанической точки зрения (с точки зрения ботаники). Такие сочетания являются обстоятельствами и не обособляются.

Это сложноподчиненное предложение с изъяснительным придаточным вопросительной разновидности. Всё дело именно в последнем: изъяснительные придаточные вопросительной разновидности присоединяются к главной части посредством как раз того слова, которое делает их вопросительными: Где твой дневник? — Мама спросила, где мой дневник. Вопросительное местоимение при этом превращается в относительное, то есть в союзное слово.

Но вопросительность в случае так называемого общего вопроса может создаваться не вопросительным местоимением, а частицей: Не сходить ли мне на работу? — Я задумался, не сходить ли мне на работу. Частица берет на себя функцию средства связи, хотя, конечно, ни в союз, ни в союзное слово она не превращается.

А в случае альтернативного вопроса вопросительность создается той же частицей, но «спрятавшейся» в разделительном союзе или: Сходить мне на работу или остаться дома? — Я размышлял, сходить мне на работу или остаться дома. Таким образом, как это ни парадоксально, в СПП с изъяснительным придаточным, которое восходит к альтернативному вопросу, роль средства связи берет на себя сочинительный (!) союз или.

Запятая или иной знак не требуется: Ника и возразила?

Да, запятая нужна.

Верно: На вопрос «Как дела?» он был готов лезть в драку.

Повторение знака процента не требуется: у 30, 92, 94 и 98 % пациентов.

Верно слитное написание: суперраскраска.

В русском языке свободное ударение, даже для одного слова в определенных случаях возможны варианты, в их числе плОскостный и плоскостнОй. Как указывает словарь, варианты различаются употреблением (плоскостнОй - в речи математиков).

Спасибо! Исправили и передали Ваше замечание главному редактору словаря С. А. Кузнецову.