Нет оснований писать с прописной буквы. А вот кавычки не помешают.
Литературной норме соответствует произношение мягкого согласного: музей, -я [не зэ].
Запятая не нужна. Стилистически фраза не вполне удачна.
Правильно: во 2-м классе.
Приложение — это определение, выраженное существительным и связанное с определяемым словом либо согласованием (согласованные приложения), либо примыканием (несогласованные приложения). Бывают другие виды неслогласованных определений, которые не являются приложениями (кофе какой? с молоком). В предложении Я посмотрел мультфильм «Смешарики» есть несогласованное приложение «Смешарики». Обычно эта тема включается в программу по русскому языку 8-го класса.
Словарной фиксации нет. Корректным нам представляется дефисное написание: супер-пупер-оборудование.
Корректная пунктуация: По таким предметам, как английский язык и физическая культура, преподавание ведется по учебникам авторов, у которых создана единая линия преподавания предмета с 1 по 11 класс.
Оба глагола возможны. Правда, принято говорить не писать упражнения, а выполнять (делать) упражнения.
Обособление оборота с предлогом ввиду факультативно. О факторах, которые могут влиять на обособление или необособление оборота, можно прочитать в «Справочнике по пунктуации».
