«Большой академический словарь русского языка» фиксирует варианты на втором и третьем слоге как равноправные. Однако в современных орфоэпических словарях слова маркированный и маркированный представлены как слова с разными значениями. Маркированный – от слова маркировать 'ставить клеймо, марку' или 'проводить борозды для посадки': маркированные товары, маркированные товарным знаком. Маркированный – это лингвистический термин: стилистически маркированный.

Часто вызывает затруднения сочетание маркированный перечень (список). В нем прилагательное использовано в значении 'отмеченный какими-то знаками', что довольно близко к значению 'ставить клеймо, марку', однако в этом сочетании прилагательное можно отнести и к лингвистическим терминам. Поэтому будет правильным, в соответствии с рекомендациями «Большого академического словаря русского языка», допустить два варианта: маркированный перечень (список) и маркированный перечень (список).

Если определение относится к однородным членам и стоит после них, требуется форма множественного числа: Краткое перечисление основных помещений и (или) оборудования, необходимых для реализации проекта. Краткий перечень игрового, технического оборудования, экспонатов, мебели и проч., которые планируется закупить на средства гранта.

Во втором предложении слово который по смыслу относится не к слову перечень, а к словам оборудование, экспонаты, мебель.

Такое употребление возможно лишь в разговорной речи.

Корректно: Среди 75 исследованных изолятов 8 % и 25,3 % штаммов принадлежали к типу К1 и К2 соответственно. Но: 20—40 % штаммов. 

Правильно: Документы судов и военных трибуналов, а также документы, содержащие сведения о возбуждении дел и составах преступлений, местах осуждения и отбывания сроков заключения, не относятся к перечню документов, образующихся в деятельности предприятий железнодорожного транспорта, и на хранение в отдел архивов Октябрьской железной дороги не поступали.

Название компании Microsoft в современных текстах обычно пишут латиницей, кавычки при этом не ставятся; при написании кириллицей верный вариант: компания «Майкрософт».

Абзацы – элементы перечня в Вашем вопросе лучше обозначать не цифрой с точкой, а цифрой с закрывающей скобкой, т. к. элементы перечня невелики по объему. В остальном все корректно.

В первом предложении запятая не нужна, т. к. неповторяющийся союз и соединяет однородные придаточные предложения: Я думал, что стукач – это мужик и кот ему сейчас горло порежет (=думал, что стукач – это мужик и что кот ему горло порежет). Во втором и третьем предложениях однородных придаточных нет, поэтому запятая после слова мужик ставится (обособляется придаточное предложение что стукач – это мужик).

Слово спа (водные процедуры) может употребляться как существительное мужского или среднего рода.