Такая фраза некорректна: автобиография – описание своей жизни. Передать нужный смысл можно по-другому, например: Горький участвовал в написании «Автобиографии» Ф. Шаляпина, Горький помогал Шаляпину писать «Автобиографию».

Корректно: врач – стоматолог-хирург-имплантолог. Обратите внимание, правильно написание: врач – стоматолог-ортопед. Сначала ставится тире, затем дефис.

Правильно: кв. м (без точки после «метров»).

Дело не в том, от каких существительных образованы такие прилагательные, а в том, какую роль они играют в тексте. Выделение слов в тексте с помощью прописной буквы используется для противопоставления собственных и нарицательных имен: нарицательные имена пишутся со строчной буквы, собственные – с прописной. Ср., напр.: лев – Лев, невские берега – Александр Невский, красная шапочка – Красная Шапочка (сказочный персонаж), здоровье – журнал «Здоровье».

Современной орфографической норме соответствует дефисное написание: естественно-исторический, естественно-научный. Слитное написание можно увидеть в старых словарях и тех переизданиях старых словарей, которые выдаются за обновленные справочники, но которые при этом не приведены в соответствие современной письменной норме.

Существительное низменность образовалось от прилагательного низменный, от которого и было унаследовано две н. Написание нн в прилагательном можно объяснить двумя способами. Исторически низменный образовалось с помощью суффикса -енн- от вышедшего из употребления существительного низмя.  Современное правило, под которое подпадает слово низменный, таково: двойное н пишется в прилагательных с беглым е между нн, напр.: беспрестанный (беспрестанен), благоуханный (-нен), блаженный (-жен и -женен), искренний (-нен).

Сейчас слово можно разобрать так: низ/менн/ость/. Откуда появилось м, этимологические словари не дают ответа. В словаре В. Даля зафиксировано еще одно однокоренное слово с м – низмянка «низкорослый лесок по дурной почве; кустарный дрянной лес» и растение. 

Если нам удастся выяснить происхождение загадочного м, ответ будет дополнен. Спасибо за интересный вопрос.

Слова грамота и грамматика пишутся по-разному, потому что пришли в русский язык в разное время и разными путями. Грамота – это очень старое заимствование из греческого языка. В греческом было слово gramma, означавшее «письменный знак», «буква». У этого слова была форма множественного числа grammata – то есть «буквы», «письмо». Вот это форма и стала нашей грамотой: мы немного изменили греческое слово на свой лад. А слово грамматика пришло к нам намного позже, в XVIII веке, из латинского языка. Оно тоже, конечно же, восходит к греческим словам grammata, grammatike, но в латинском языке сохранились две буквы «м».