Запрета на сочетание глагола применять с существительным требование нет. Исходить нужно из того, какие значения имеет глагол применять/применить в современном русском языке. См.: ПРИМЕНЯТЬ, несов. (сов. применить), что. Использовать, потреблять (потребить) опыт, знания, какие-л. средства, прилагая, приспосабливая их для чего-л., с целью достижения каких-л. результатов, успеха и т.п. [impf. to apply (to), employ, use, put into use or operation; to exert, apply, use (strength, skill, etc.) to gain a desired result]. Этот клей применяют для склеивания изделий из дерева, ткани, кожи и бумаги. Теперь он мог применить свои знания на практике.

В обоих случаях ставится запятая и тире. Пробел нужен.

В значении 'здание, в котором происходит христианское богослужение' слова храм и церковь синонимичны и взаимозаменяемы: пойти в храм и пойти в церковь. Однако храмом может называться здание, предназначенное для совершения богослужений и религиозных обрядов представителей иной конфессии; возможно: буддийский храм, но не буддийская церковь. Кроме того, у слова храм есть переносное значение 'место служения науке, искусству, высоким помыслам': храм муз  (о театре), храм знаний (о школе); у слова церковь  есть значение 'религиозная организация духовенства и верующих', например: лютеранская церковь.

Обособлять определение не нужно. 

Знаки расставлены верно. Приложения (должность, ученая степень, звание и др.), стоящие после определяемого слова, независимо от передаваемого ими значения, разделяются запятыми и обязательно выделяются.

На наш взгляд, оборот объектов культуры федерального значения является приложением. Положение в конце предложения свойственно приложениям, которые обладают качественно-характеризующим значением и могут заключать в себе дополнительное сообщение о субъекте. Такие приложения соотносительны с самостоятельными предложениями: В Енисейске сохранилось множество старинных храмов и зданий; они являются объектами культуры федерального значения.