Правильно - с пробелами: и. о. генерального директора.
Если директор — женщина Алиса Иванова, то верно: в лице директора Алисы Ивановой.
Верно: Из выступления директора на заседании.
Смысл предложения непонятен.
Нужно писать раздельно. Вот общее правило на этот счет:
"Недопустимо слитное или дефисное написание с приставкой или первой частью сложного слова, если вторая часть содержит пробел, т. е. представляет собой сочетание слов. В этих случаях слитные или дефисные написания, рекомендуемые основными правилами, должны заменяться раздельными. Например, следует писать: лже доктор наук, псевдо произведение искусства, теле круглый стол, мини стиральная машина; экс Советский Союз, псевдо Ван Гог, пол рабочего дня, пол столовой ложки, пол Московской области; то же в парных конструкциях с полу: полудеревни — полу дачные посёлки, полусанаторий — полу дом отдыха, полупародия — полу литературный фельетон, полуясли — полу детский сад".
Правильно: Вчера наш директор вместе с журналистом Иваном Ивановым отправился по магазинам. Правила см. в ответе на вопрос № 270645.
Запятая ставится по традиции.
В подобных случаях название института следует писать в кавычках и не склонять: Учреждение Российской академии наук «Институт серпа и молота», директор Учреждения РАН «Институт серпа и молота».
