Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа: из города Набережные Челны, в городе Великие Луки, в городе Мытищи.
Сочетание великое множество корректно и означает, что чего-то или кого-то не просто много, а очень много.
Внешние враги. См., например: Страна, раздираемая на части внутренними противоречиями и внешними врагами, шла к неминуемой гибели [Т. Дорошенко. Преодоление «великой разрухи» русского государства. Ополчение 1611 и 1612 годов // «Наука и жизнь», 2006].
Запятая перед противительными союзами ставится всегда. Однако в редких случаях перед противительным союзом может ставиться интонационное тире: Наша страна должна больше развивать свой научный потенциал, чтобы стать великой державой, — а она этого звания заслуживает.
Конкретно в сочетании Ставка Верховного Главнокомандования (в период Великой Отечественной войны) все три слова по традиции пишутся с большой буквы, что зафиксировано словарями. См.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Прописная или строчная? М., 2005.
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа: в городе Великие Луки, в городе Мытищи, в городе Чебоксары. Если слова город нет, название, конечно, склоняется: в Чебоксарах.
Тире поставить можно, но необязательно.