Из приведенного Вами примера не вполне ясно, где границы цитаты и что именно в цитируемом документе подверглось сокращению. Если имеется в виду цитата из "Заявления Третьей Сессии Крымского областного Совета народных депутатов...", то верная пунктуация такова: "Указанные акты, преступно обвинив в предательстве целые народы, юридически закрепив их депортацию, посеяли горькие зерна недоверия между людьми разных национальностей, повлекли нарушение их конституционных прав. <...> Имея целью восстановление исторической справедливости и государственности Крыма, Крымский областной Совет народных депутатов заявляет..."

Проблема состоит в том, что разные ученые (в том числе и составители словарей) по-разному оценивают степень устойчивости тех или иных сочетаний, поэтому могут либо причислять, либо не причислять их к фразеологизмам. Например, в двухтомном "Фразеологическом словаре современного русского литературного языка" под редакцией А. Н. Тихонова, который понимает фразеологию максимально широко, зафиксированы фразеологизмы иметь за душой (за душой ничего — это, в сущности, его вариант), душа в пятки ушла, радостно на душе. Сочетание с дорогой душой в этом длинном списке не числится, однако в нем есть со всей душой, с открытой душой, с чистой душой, так что отсутствие фразеологизма с дорогой душой можно счесть досадным упущением. Поэтому приходится констатировать, что задание некорректно, так как все приведенные в нем сочетания со словом душа можно считать фразеологически связанными. 

В первом предложении парные тире выделяют пояснительную конструкцию, во втором — вставную, они допустимы. Обратите внимание, что во втором предложении слово наоборот вводное. В третьем предложении предпочтительно двоеточие, запятая перед сочетанием с использованием обычной кухонной утвари и ванн нужна, потому что этот оборот уточняет обстоятельство «на коленке». В четвертом предложении тире нужно, поскольку имеется противопоставление двух именных сказуемых.

Трудно дать единственный общий совет. Каждый такой случай нужно разбирать отдельно. Например, в названии "полимедэл" использование Э оборотного вполне уместно, если это слово образовано способом аббревиации и в его состав входит компонент ЭЛ - электризованный.

Что же касается слова стендовер, то вряд ли можно считать в данном случае написание с Э правильным, поскольку в русском языке давно существует существительное стенд, а также слова стендовый, стендист, которые пишутся с Е.

Должны заметить, что составителям орфографических справочников часто приходится мирить орфографическую теорию и во многом стихийно складывающуся практику письма, отсюда и те непоследовательности, на которые Вы указываете. Вопрос об употреблении Е или Э на месте звука [e] перед твердой согласной - один из самых сложных в этом отношении вопросов современной русской орфографии.

Существует множество учебников, вот ссылка на один из них:

http://imwerden.de/cat/modules.php?name=books&pa=showbook&pid=822

Дело в том, что СИ — это не сокращение полного названия, а транскрипция аббревиатуры SI (Le Système international d’unité — Международная система единиц). Так что сочетание система СИ можно признать допустимым. 

В бессоюзном сложном предложении География как наука зародилась в античные времена — геология как самостоятельная ветвь начала развиваться только во второй половине 18 века тире поставлено по правилам: оно выражает сопоставительные отношения между частями. На эти отношения указывает лексическое наполнение частей (в частности, названия наук география — геология) и их однотипное строение (сравним: как наука зародилась — как самостоятельная ветвь начала развиваться; в античные времена — во второй половине 18 века). Впрочем, запятую вместо тире в этом предложении невозможно счесть ошибкой, поскольку между частями можно усмотреть и перечислительные отношения, прочитав с интонацией перечисления.

Что касается сочетания при других в предложении При других она была весела, общительна, то в данном контексте это действительно обстоятельство, отвечающее на вопросы при каких условиях? когда? где? 

1. Наша рекомендация: в текстах, не относящихся к финансовым и биржевым сводкам, знак денежной единицы предпочтительно ставить именно после цифр. См. ответ на вопрос 246257.

2. Ставить знак валюты перед цифрой/суммой — традиция технического оформления специализированных текстов.

3. Как указано в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой, знаки %, №, § отделяются пробелом от цифр. Полагаем, знаки денежных единиц должны оформляться аналогично.

4. Пробел между цифрой и словом (пусть и сокращенным) нужен: 5 руб. 

5. Графические сокращения (кроме названий единиц измерения) пишутся с точкой.

6. Сокращения типа руб. общепонятны, поэтому их можно использовать в текстах информационного характера. Разумеется, если мы передаем прямую речь, то слова нужно писать полностью, сравним: Я на это потратил десять тысяч рублей! (здесь использовать сокращение неуместно). 

7. Для обозначения рубля принято два сокращения — р. и руб., для обозначения доллара — долл.

8. Для удобства восприятия чисел принято ставить пробелы (если есть техническая возможность — неразрывные): 3 659 122.