Если перед простым подчинительным союзом стоят усилительно-ограничительные слова (частицы, союзы или их сочетания, вводные слова) особенно, даже, в частности, в том числе,  в особенности, а именно, а также, а (но) только, как раз, лишь, исключительно, только и др., то запятая ставится перед ними, а не перед союзом.

Верная пунктуация: Перпендикуляр может быть задан, только когда треугольник повернут боком к нам.

Мулла – слово мужского рода. Ошибка – из печатного издания словаря. Исправили, сообщили главному редактору словаря С. А. Кузнецову.

Помета «3. П.» означает, что слово поверка относится только к одному из омонимичных глаголов поверить, а именно данному под цифрой 3 (при описании омонимов для их различения в словаре используются условные цифры 1, 2, 3 и т. д.).

О некоторых терминах родства см. в «Непростых словах».

Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Местоимения Вы, Ваш пишутся с прописной буквы как форма выражения вежливости при обращении к одному лицу. В текстах, размещенных на интернет-сайтах и адресованных широкому кругу лиц, вы, ваш пишутся строчными. Написание с прописной уместно при обращении к конкретному пользователю сайта (например, в закрытых разделах сайтов, которые подразумевают индивидуальное использование их каждым конкретным посетителем – регистрационная форма, личный кабинет пользователя и др.).

Для русского языка нехарактерно "зияние" (т. е. следование подряд) гласных. Как правило, такое явление - признак заимствованного слова. А заимствованные слова осваиваются, т. е. мы начинаем произносить их в соответствии с фонетическими и грамматическими законами русского языка.

Справедливости ради, нужно сказать, что звуки могут исчезать и в исконных словах. Например, в слове следующий (разг. [следущий], с выпадением согласного [j] и гласного [у]).

Правильно: Мумбаи (это несклоняемое существительное). Именно такой вариант фиксируют современные лексикографические издания, в их числе: словарь Ф. Л. Агеенко «Собственные имена в русском языке» (М., 2001), «Словарь образцового русского ударения» М. А. Штудинера (М., 2005) и др.

Разнобой в написании и наличие варианта Мумбай объясняется влиянием прежнего названия – Бомбей, а также тем обстоятельством, что подобные несклоняемые названия для русского языка нехарактерны.

Преднамеренные ошибки в нормативном словаре невозможны. Нормативный словарь для того и создается, чтобы кодифицировать норму, отвечать на вопрос «Как правильно?». Но, разумеется, любой словарь (как печатный, так и электронный) не застрахован от банальных опечаток, а кроме того, всегда сложно кодифицировать новые слова, недавно заимствованные языком. Такие слова часто испытывают колебания в написании, поэтому их фиксация в разных словарях может быть разной.

Да, у многоточия в русском письме несколько функций. Внутри предложения многоточие может использоваться для передачи прерывистого характера речи, для передачи затрудненности речи, для указания на несовместимость значений слов, на необычность, алогичность их сочетания. Но такое употребление многоточия встречается, как правило, в художественных текстах или в публицистической речи, в то время как употребление многоточия для обозначения пропуска слов при цитировании характерно для научного стиля.