Внутри причастного оборота запятые в конструкции с такой... как ставятся по общему правилу: Назначение биотина эффективно при нарушениях обмена веществ, обусловленных мутациями в генах таких ферментов, как биотинидаза, синтетаза голокарбоксилаз, пропионил-КоА карбоксилаза.

В предложении Пашу, как инвалида, на фронт не взяли нет сравнения. В предложении Одно из них устремлялось в небо, как спираль сравнение есть. 

Подобный вопрос возникает, когда в предложении отсутствует родовое слово перед названием. Сравним обсуждаемый вариант с лексически полным предложением, свободным от грамматических коллизий: Если нажать на три точки у кнопки «Загрузка», можно посмотреть дополнительную информацию. Очевидно, что никаких грамматических правил не существует для лексически неполных предложений, в которых имена собственные не предваряются родовыми словами. Авторы лаконичных высказываний самостоятельно выбирают падежную форму имени собственного — с учетом контекста, смысловых особенностей предложения, речевых традиций в той сфере, в которой текст будет «жить», и представления о том, будет ли написанное понятно читателю.

В теории сложного предложения не говорится прямо, но подразумевается по умолчанию, что это явление моносубъектной речи. Суть сложного предложения в том, что говорящий (один и тот же!) или вынужден, или предпочитает выразить свою мысль не одним, а двумя (или более) простыми предложениями, грамматически связанными между собой при помощи специальных средств связи (ср.: Маша была довольна приездом брата. — Маша была довольна тем, что приехал брат).

В конструкции же с прямой речью соединяется речь двух субъектов: говорящего и того лица, чьи слова он передает. Никаких специальных средств связи, свойственных сложному предложению, в конструкции с прямой речью нет и быть не может. Прямая речь присоединяется к так называемым словам автора механически и отделяется от них интонационно и пунктуационно. Поэтому конструкция с прямой речью не образует сложного предложения, и поэтому говорят, что прямая речь осложняет простое предложение. Это далеко не удачная формулировка, но лучше пока никто не придумал.

Если считать сочетание компании Revr поясняющим по отношению к сочетанию партнера Pомашки в Индии, то необходимо использовать парные знаки — парные запятые или парные тире. Если интерпретировать сочетание компании Revr как определяемое слово, которое стоит после приложения партнера Pомашки в Индии, знаки препинания не нужны: На стенде партнера Pомашки в Индии компании Revr демонстрировались следующие модели. Обе трактовки возможны в зависимости от авторского замысла. Сравним формулировку и примеры из параграфа 63 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: «Рядом стоящие имена собственные и нарицательные могут выполнять разные функции в зависимости от выражаемого значения. Например, в предложении Вошла его сестра Маша приложением является сестра; будучи логически выделенным, слово сестра может стать определяемым, и тогда собственное имя Маша приобретает функцию уточняющего приложения и обособляется: Вошла его сестра, Маша». О парных знаках при поясняющих приложениях говорится в пункте 2 этого параграфа.

Оба выражения вполне корректны. Ср.: каша на воде, каша на молоке. 

Возможны варианты. Но верно без кавычек (ср.: по прозвищу).