Совершенный вид глаголов-сказуемых говорит о том, что описываемые события происходили не одновременно, а последовательно, а кроме того — неясно, ожила ли древняя земля именно в 1999 году или это произошло чуть позже. Учитывая сказанное, рекомендуем поставить запятую: В 1999 году в монастырь вернулись монахи, и древняя земля ожила. Для подчеркивания быстрой смены событий можно использовать тире: В 1999 году в монастырь вернулись монахи — и древняя земля ожила.

В каждом из этих случаев мы имеем дело с приложениями, первое из которых называет должность, профессию, второе — звание. Эти приложения характеризуют лицо с разных сторон и потому не однородны (см. параграф 42 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Об этом рассказал доцент кафедры всеобщей истории МГУ кандидат исторических наук Александр Иванов. Нас обучал тренер по лёгкой атлетике мастер спорта Иван Петров.

В «Большом универсальном словаре русского языка» под ред. В. В. Морковкина у оборота в частности первым отмечено значение, синонимичное значению вводного слова например. Иллюстрацией этого значения служит такой пример: Многие крупные современные писатели, в частности С. Залыгин, В. Распутин и др., включились в борьбу за охрану окружающей среды. Исходя из этой словарной рекомендации употребление оборота в частности в сочетании с выражением и другие следует признать допустимым.

Сочетание а значит сигнализирует о логическом выводе, запятая после него нужна (см. параграф 95 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): ...её габариты — а значит, и размеры заложенных фундаментов — задавала длина строительного бревна... Запятая не будет ставиться, если присоединительную конструкцию обособить запятыми (см. параграф 93 того же справочника): ...её габариты, а значит и размеры заложенных фундаментов, задавала длина строительного бревна...

Вот что об этом сказано в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: «Рядом стоящие имена собственные и нарицательные могут выполнять разные функции в зависимости от выражаемого значения. Например, в предложении Вошла его сестра Маша приложением является сестра; будучи логически выделенным, слово сестра может стать определяемым и тогда собственное имя Маша приобретает функцию уточняющего приложения и обособляется: Вошла его сестра, Маша».

В подобных контекстах сочетание начиная с играет роль предлога, оборот с ним не требует обособления (см. параграф 73 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Следует заметить, что начиная с войны во Вьетнаме на них стремились возложить выполнение разведывательных задач по уничтожению объектов противника. Оборот может быть обособлен «для попутного пояснения или смыслового выделения» (см. параграф 74 того же справочника).

Запятая перед союзом и не нужна, потому что он соединяет однородные сказуемые.

Отметим, что Д. Э. Розенталь рекомендовал в подобных конструкциях ставить запятую перед и, даже если он соединяет однородные члены (как в данном случае). Эта рекомендация противоречит принципам русской пунктуации и не поддерживается современными специалистами по правописанию. В частности, она отсутствует в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Поэтому ее следует считать устаревшей.

Из БСЭ:

Козлобородник (Tragopogon), род растений семейства сложноцветных. Дву- или многолетние травы, содержащие млечный сок. Листья линейные или ланцетные. Цветки язычковые жёлтые, реже розовые или пурпуровые, в крупных корзинках с однорядной обёрткой. Семянка с хохолком. Более 150 видов в умеренных областях Старого Света. В СССР около 80 видов, главным образом на Кавказе и в Средней Азии. Наиболее распространены по лугам и лесным полянам К. луговой (Т. pratensis) и К. восточный (Т. orientalis).

Все-таки, то-то вот и есть – это частицы. Частицы определяются по значению и функции в предложении. В сложных случаях нужно обращаться к словарям и грамматикам. О частицах можно прочитать в учебнике Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников», в «Русской грамматике»1980 г. Служебным словам посвящен «Объяснительный словарь русского языка. Структурные слова: предлоги, союзы, частицы, междометия, вводные слова, местоимения, числительные, связочные глаголы» под ред. В. В. Морковкина (изд. 2-е, испр. М., 2003).

Запятая не нужна, так как союзом и связаны двух вопросительных предложений (второе из них представлено только вопросительным местоимением почему, но в данном случае это неважно). Правило приведено в п. 5 параграфа 112 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). Обратите внимание, что перед этой конструкцией лучше поставить двоеточие: Поделитесь с нами воспоминаниями: какой предмет был вашим самым любимым в школе и почему?