Само по себе слово непременно не требует постановки знаков препинания.
В данном случае пунктуация зависит от строя предложения. Если непременно относится к глаголу и выступает в роли обстоятельства (Я непременно вернусь туда), то запятая не нужна. Если это сложное предложение ("Ты думаешь вернуться?" — "Непременно, я вернусь туда".), то запятая ставится между его частями.
Оба варианта написания корректны, но предпочтительнее использовать вариант «изучение особенностей грамматического строя речи у младших школьников». Такая рекомендация связана с тем, что в варианте "изучение особенностей грамматического строя речи младших школьников" обнаруживается навязчивое повторение родительных падежей.
Кавычки не нужны.
Правильно: заключить договор... и дополнительное соглашение.
Запятую ставить не нужно.
Запятая не нужна: нет причин для обособления обстоятельства.
Возможные варианты: Сказал договор не заключать и (при соответствующей интонации) Сказал: договор не заключать.
См. «Непростые слова».
При необходимости будем давать такие пояснения. Спасибо!