В годы советской власти сочетание Совет Министров  было официальным названием высшего исполнительного и распорядительного органа государственной власти – и в СССР, и в РСФСР. Этим и объясняется написание обоих слов с прописной буквы. Поскольку действующие «Правила русской орфографии и пунктуации» были приняты в 1956 году, неудивительно, что в них тоже отмечено написание Совет Министров. Такого написания следует придерживаться, если речь идет о советской эпохе.

Правильно написание Совет Министров и в том случае, если имеется в виду официальное название высшего органа исполнительной власти какого-либо государства, например: Совет Министров Республики Беларусь.

Однако как неофициальное название высшего государственного органа (как синоним слова правительство) правильно написание Совет министров. Невозможно написание слова министров  с прописной, если речь идет о российском правительстве, поскольку в нашей стране официальное название высшего органа исполнительной власти – Правительство Российской Федерации.

Путаница не на сайте, а в русской орфографии. Действующие правила приняты в 1956 году, с тех пор практика письма существенно изменилась (в первую очередь это касается именно употребления прописных и строчных букв), что находит отражение в изданном в конце 2006 года полном академическом справочнике "Правила русской орфографии и пунктуации".

Корректно: Петропавловский собор. Правило, о котором Вы пишете, к сожалению не вполне отражает закономерности, действующие в области написания сложных прилагательных. Уточненные правила можно прочитать в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря», см. параграфы 47–51.

Словарь Даля составлен в XIX веке, словарь Ушакова – в 1935–1940. Действующие правила правописания приняты в 1956 году, поэтому по словарю Даля и по словарю Ушакова проверять орфографию нельзя. Правильно в современном русском языке: под стать.

Правильно: стекленеть. Словарь русского языка под редакцией Д. Н. Ушакова увидел свет в 1935–1940, а действующие «Правила русской орфографии и пунктуации» приняты в 1956 году. Поэтому в словаре могут встречаться написания, не соответствующие современной орфографической норме

Такая формулировка содержится в параграфе 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). Справочник представляет собой новую редакцию действующих «Правил русской орфографии и пунктуации», на которые Вы ссылаетесь. 

1. Возможны варианты: ж.-д. вокзал и ж/д вокзал.

2. Согласно действующим правилам правописания, принятым в 1956 году, верно только написание прийти, идти. Варианты придти, притти, итти можно встретить в книгах, вышедших в свет до 1956 года. 

Объяснение очень простое: словарь русского языка под редакцией Д. Н. Ушакова увидел свет в 1935–1940, а действующие «Правила русской орфографии и пунктуации» приняты в 1956 году. Поэтому в словаре могут встречаться написания, не соответствующие современной орфографической норме.

Управление при слове изменение зависит от значения: изменение чего-либо – замена прежнего новым; изменение в чем-либо – перемена, переделка, поправка. Если речь идет о том, что в действующей документ  внесены переделки, поправки, верно: Об утверждении изменений в «Политике информационной безопасности ОАО «***».

Здесь действие, названное оборотом исходя из них, соотносится с действующим лицом («мы исходим из целей и планируем задачи»), а потому оборот обособляется: Мы ставим цели на один год и, исходя из них, планируем задачи на каждый квартал.