Правильно: в городе Москве. В официальных документах можно встретить несклоняемый вариант. См. подробно в «Письмовнике».
В образцовой литературной речи названия городов склоняются в сочетании со словом город: лицей города Лобни. Но в официальных документах название должно указываться в соответствии с тем, как оно зарегистрировано.
Единства в словарных рекомендациях нет. Согласно словарю Е. А. Левашова «Географические названия» (СПб., 2000) Нягань – слово женского рода. Надо признать, что вариант (из) Нягани встречается гораздо чаще, нежели вариант (из) Няганя.
Возможны оба варианта, выбор зависит от того, насколько самостоятельным действующим лицом Вы считаете Тотошку.
Верно такое оформление: муниципальное образование «Город Балаково», депутаты Совета муниципального образования «Город Балаково».
Правильно: на Москве-реке. См. в Горячей десятке вопросов.
Подробный ответ см. в «Письмовнике».
Это несклоняемое название.