По данным "Википедии", в метеорологии направление ветра указывается от точки, откуда дует ветер, тогда как в аэронавигации — куда дует, таким образом в речи синоптиков ветер южных направлений — это ветер, дующий с юга.
Если речь идет не о действии, а о группе лиц, то верно: командование Южного военного округа.
Корректен первый вариант.