Верно: По словам главнокомандующего Воздушно-космическими силами РФ.

В этом предложении одиночный союз и соединяет однородные обстоятельства причины, одно из которых выражено сочетанием существительного с производным предлогом в связи с, а другое — деепричастным оборотом. Запятая где бы то ни было в этом сочетании не нужна по правилу об однородных членах предложения. После сочетания её необходимо поставить для смыслового выделения: В связи со служебной необходимостью и руководствуясь статьей 60 Трудового кодекса РФ, приказываю.

Прим = первый, поэтому сочетание "прим два" некорректно.

Оборот в соответствии со статьей 60 Градостроительного кодекса РФ (обратите внимание на написание слова кодекс строчными) надо или выделить запятыми с обеих сторон, или не выделять вообще. Одной запятой после этого оборота недостаточно.

Возможны оба варианта.