Верно: тысяча девятьсот девяносто девятый год; две тысячи девятый год.
Первый вариант.
Обе формы сказуемого возможны.
Верно: двух (пяти) тысяч рублей, двум (пяти) тысячам рублей, две тысячи (пять тысяч) рублей, двумя (пятью) тысячами рублей, о двух (пяти) тысячах рублей.
Верно: не менее 63 тысяч человек.
Верно: тысячеамперный, тысячеваттный, тысячевольтный, тысячеметровый и т. п. (см. словари).
Зачем писать тысячу и словом, и цифрой? Попробуйте все числительное записать в цифровой форме.
Корректное употребление числительного зависит от количества элементов в организме: если речь идет об одной тысяче, правильно использовать форму единственного числа, если имеется в виду несколько тысяч элементов, уместнее форма множественного числа (ср. нужна тысяча деталей или нужны тысячи деталей).