Фраза получилась двусмысленной, можно понять как "инвентаризация... складов сырья" и "инвентаризация... сырья". Нужно перестроить предложение, чтобы прочтение стало однозначным.
Оба варианта возможны.
Ударение на И: яИчники, допустимо произношение [чн] и [шн].