Литературная норма требует склонять название в сочетании с родовым словом: в селе Родном, у села Родного. Но в речи официальной, канцелярской географические названия в функции приложения чаще остаются несклоняемыми.
Части предложения нужно разделить запятой: Ни в городе Богдан, ни в селе Селифан.
Возможны варианты пунктуации: Наша старшая сестра Хелен – единственная, кто его не имеет. Наша старшая сестра, Хелен, – единственная, кто его не имеет. Обособление/необособление имени зависит от наличия или отсутствия пояснительного оттенка значения и соответствующей интонации при чтении.
Необходима только точка в конце предложения.
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают (как в приведенном примере). Поэтому верно: в селе Николаевка.
Таким документом является словарь личных имен, в котором зафиксированы соответствующие имена.
Название должно склоняться.