В приведенном отрывке не нужно ставить запятую.
Можно в этом случае поставить запятую.
Протокол не может принять никаких решений. Можно сказать: В протоколе были зафиксированы (отмечены) решения, принятые на совещании.
Есть версия: прилагательное беспрепятственный авторы документа хотели употребить в значении "безопасный". Им это, как мы видим, не удалось.
Правильно: протоколы.
Это акт или протокол.
Варианты равноправны.
Если заказчик является уполномоченным органом, то лучше поставить тире вместо запятых. Если это однородные члены, то запятая после органом не нужна. После подписания запятая не нужна.
Причина выбора падежа одна: рекомендации словарей и справочников. Иными словами, выбор падежной формы объясняется исключительно традицией.
Стоянка поезда – одна минута. Согласно протоколу, решению, расписанию.
