См. здесь (в тексте приводится последовательность и образец морфологического разбора прилагательного).
Оба варианта верны.
Правильно: по применяемой ставке налогообложения.
В данном предложении запятая после слова "оформления" не требуется.
Корень заблагорассуд-, суффикс -и-, суффикс (окончание) -ть-, постфикс -ся. Информация доступна здесь.