Если имеются в виду концы разреза, раны и тому подобного, то верно: в областях концов повреждения.
Да, корректно писать с большой буквы.
Приведенного контекста недостаточно для того, чтобы определить, ставится ли запятая. Постановка запятой зависит от строя всего предложения.