Подстрочные примечания применяются в тех случаях, когда необходимо дать важные текстологические комментарии (без которых читателю будет трудно понять смысл текста), когда необходимо перевести иноязычное слово и дать какие-либо иные пояснения к тексту.

Обособление нужно. Плохо: Условия... содержатся в книге. В книге может рассказываться об условиях, в книге могут быть перечислены условия.

Корректно с родительным падежом (Ваш первый вариант).

С прописной буквы пишется первое слово в названии Периодическая система элементов Менделеева. Однако названия законов (объективно существующих необходимых связей между явлениями) пишутся строчными, с прописной пишутся только имена собственные, входящие в название: закон всемирного тяготения, закон Архимеда, периодический закон Менделеева (и просто периодический закон).