Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. Кандидат наук – ученая степень, заслуженный работник – почетное звание. Запятая нужна.

Корректно: заведующая.

Кандидат – многозначное слово. Одно из значений Вы привели. В сочетании кандидат каких-либо наук слово кандидат употребляется во втором значении – 'младшая ученая степень, а также лицо, имеющее эту степень'.

Такого указания в справочниках нет — см. параграф 11 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя или параграф 42 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Как указано в этих источниках, наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения, поэтому между сочетаниями кандидат сельскохозяйственных наук и доцент нужно поставить запятую, тогда как остальные приложения не однородны: заведующий отделом ведущий научный сотрудник кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Иван Иванович Иванов. Такая последовательность из четырех приложений, из которых четвертое отделено от третьего запятой, а первые не отделены друг от друга, неудобна для восприятия. Если контекст позволит, предлагаем поставить часть из этих приложений после определяемого слова; такие приложения разделяются запятыми: Заведующий отделом Иван Иванович Иванов, ведущий научный сотрудник, кандидат сельскохозяйственных наук, доцент, рассказал об исследовании. См. также ответ на вопрос 310613.

Корректно: Заведующий отделом кандидат философских наук, заслуженный работник республики...