Здесь корректно с прописной (Бог), т. к. имеется в виду единое верховное существо в монотеистических религиях.
Правильно без запятой.
Предпочтителен второй вариант.
Возможны оба варианта, но предпочтительно: не знает предмета. Общее правило: слова, зависящие от глагольной формы с отрицанием, могут стоять в форме как родительного, так и винительного падежа, если в зависимости от глагола без отрицания они употребляются в винительном падеже: знает предмет – не знает предмета / предмет. Но при глаголах восприятия мысли (в том числе знать) обычно употребляется родительный падеж.