Правилен второй вариант.
Правильно: в тысячах школ.
Корректно: в Ижевске, в г. Ижевске.
В этом случае следует использовать тире.
Правильно: ГБОУ «Школа...» провело мероприятия. Сказуемое согласуется со словом учреждение. Ср.: кинотеатр «Родина» открылся после ремонта (не открылась).
Корректно: в языковую школу.