Кавычки поставлены правильно. Рекомендуется после слова табличка поставить двоеточие (см. примечание к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Сбоку висела табличка: «Главный геолог Михаил Алексеевич Иванов».

«Объяснительный русский орфографический словарь-справочник» (Ин-т русского языка им. В. В. Виноградова РАН; Е. В. Бешенкова и др. М., 2015) сообщает о сочетании (в)глубь следующее:

вглубь 1) пишется слитно как наречие от существительного (глубь), принадлежащего к закрытому ряду слов с простран­ственным или временным значением (распростра­ниться вглубь и вширь, проблему не решили, а загнали вглубь); 2) закрепившееся слитное написа­ние предлога (зверь забился вглубь норы). ◊ Не путать с сочетанием предлога и существительного, управляющего другим существительным, напр.: в глубь океана; в глубь веков; в глубь души; вникать в глубь, в суть проблемы; в глубь времён; вышел из распахнутых в глубь дома дверей. Поскольку в современном языке дан­ный предлог находится еще в стадии формирования, то разница между сочетанием с предлогом вглубь дома и сочетанием существительных в глубь океана трудно уловима, поэтому в данных сочетаниях вполне возможно вариативное написание. (Статья приведена с некоторыми сокращениями.)

В предложении Настоящий геолог проникает (в)глубь Земли слово глубь вполне соответствует значению, зафиксированному в «Большом толковом словаре русского языка» (под ред. С. А. Кузнецова), – ‘место или пространство, расположенное на большом расстоянии от поверхности земли или воды’. Поэтому в данном случае более обоснованным представляется раздельное написание.

Запятая не ставится, т. к. невозможно изъять из предложения придаточную часть когда наконец понял, где находится. 

Запятая после союза а не нужна.

Номинации типа фило́лог, гео́лог, геммо́лог и т. п. имеют ударение на соединительной гласной -о-, которая при этом является центром слова. Однако в номинации минерало́г нет соединительной гласной -о-, поэтому ударение в этом слове аналогично ударению в иных словах с финалью -алог: генеало́г, декало́г, диало́г и т. п.  

Запятая не нужна. Это простое предложение с однородными сказуемыми сохраняется и будет, соединенными неповторяющимся союзом и. В предложении также есть однородные члены сокровенным идеалом и непреложным законом, соединенные неповторяющимся союзом и. Оснований для постановки запятой нет.

Корректно не склонять: Мы в этом городе жили в разных микрорайонах: Геолог, Ленинский, Тёплый Стан, Железнодорожный.

См. подробнее в «Письмовнике».

Верно раздельное написание союза.