Оба варианта предложения некорректны, так как сопоставить ("сравнивая, соотнести друг с другом для получения каких-л. выводов") можно только вещи одного порядка. Сопоставлять растения и особенности так же невозможно, как сравнивать, например, мягкое и быстрое.
Правильное написание: недожаренный.
Запятая ставится.
В первом предложении возможно двоякое понимание оборота с союзом как: если как сорняк = «в качестве сорняка», запятая не нужна; если как сорняк = «так же, как это делает сорняк» (то есть имеет место сравнение), запятая нужна. Во втором предложении возможно только одно понимание оборота — как сравнительного и требующего обособления.
Запятая не требуется.
Слово жожоба зафиксировано словарями как несклоняемое.
Возможны варианты: уничтожать микробы и микробов. Но в данном контексте предпочтительно (в целях снятия падежной омонимии миробы им. п. - микробы в. п.): растения уничтожают микробов.
Правильно написание со строчной, при этом название семейство, как правило, имеет форму родительного падежа: семейство крестоцветных, семейство маковых.