Корректен первый вариант, если под положением понимается свод правил.
Сокращенное наименование пишется с той же буквы, что и полное (Министерство природных ресурсов, далее - Министерство).
В этом случае правильно написание строчными, т. к. не приводится полное официальное название учреждения.
Выбор между запятой и тире в бессоюзном сложном предложении (а здесь именно такие конструкции) зависит от того, какой смысл хочет выразить автор. Если он утверждает существование связи, управления и т. д., то между частями возникают перечислительные отношения, требующие оформления запятой. Если же автор хочет выразить условно-временны́е отношения, обозначаемые в языке союзами если и когда, то необходимо поставить тире (см. пункт 3 параграфа 130 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).
