Честно говоря, трудно представить себе контекст, в котором можно было бы использовать второе сочетание (и посему трудно считать такое сочетание безупречным). Правильнее, видимо: 5 миллиграммов апельсинового сока.
Второй вариант оформления (с десятичной дробью) более привычен (вероятно, из-за большей графической простоты).
Если 5 мл — это характеристика флакона (его объем), то нужно изменить порядок слов, поставив сочетание 5 мл непосредственно после существительного флакон (это позиция несогласованного определения). Указание на количество предметов уместно отделить тире: Флакон 5 мл — 5 шт.
Лучше так: программа 5-го и 6-го классов.
Возможно: равна 1,5 (одному и пяти десятым) миллиона, равна полутора миллионам.
Лучше так: 6,5 сотки земли.
Корректно: 6,5 (пять десятых) сотки.
Правильно: 5 % (пять процентов), 5%-й (пятипроцентный).
Правильно: самолет массой 5 кг