1. Запятая нужна: Он, не отступая, понемногу, капля по капле, добивался воплощения в реальность своих идей. Капля по капле — устойчивое выражение. 

2. Корректно: Масштабность в делах и мыслях, знания и практический опыт позволили ему грамотно, на научной основе руководить сложными проектами.

Авата́ра (санскр. «нисхождение») — термин в философии индуизма, обычно используемый для обозначения явления или воплощения Бога на планете Земля.

Кроме этого, в Интернете авата́р, авата́ра, также юзерпик (от англ. user picture — «картинка пользователя») — небольшое статичное или анимированное изображение (часто ограниченное размером в некоторое число пикселей), обычно не являющееся истинной фотографией пользователя.

Логика в том, что с прописной буквы пишутся те или иные обозначения дьявола, воспринимаемые как имена собственные, в том числе воплощения в литературных и художественных образах: Люцифер, Мефистофель, Воланд, Вельзевул и др., также Сатана как литературный персонаж. Прочие обозначения, прямые и образные, пишутся строчными: дьявол, антихрист (написание было изменено в «Академосе»), сатана, лукавый, шайтан и др.

Да, запятая нужна (обособляется определительный оборот воплощенные в новом качестве).

Союз постольку... поскольку имеет значение "в той мере как". Но складывается впечатление, что союз постольку... поскольку в данном случае использован неверно: на его месте должен быть союз поскольку.

Часть предложения, начинающаяся со слова поскольку, относится все-таки только к части, непосредственно ей предшествующей (её крепости, терема и избы строились из дерева): именно в этой части излагается факт. Часть долгие годы Русь была страной деревянной заключает в себе авторскую обобщающую оценку. Заметим, что в этом предложении нарушена логика: авторская обобщающая оценка Русь была страной деревянной не является причиной того, что крепости, терема и избы строились из дерева; рядоположными эти утверждения (оценка и факт, обосновывающий оценку) также считать нельзя. Следовательно, союз и здесь неуместен, гораздо лучше было бы обойтись без союза и поставить после первой части двоеточие; в части, начинающейся с поскольку, также есть недочеты, которые желательно устранить: Долгие годы Русь была страной деревянной: её крепости, терема и избы строились из дерева, поскольку для русского человека дерево — это возможность воплощения строительной красоты, чувства пропорций и слияния архитектурных сооружений с окружающей природой.

Слова двойной и двоякий имеют различающиеся значения, хотя иногда могут быть взаимозаменяемы. Из словарных толкований следует, что двойной характеризует нечто как состоящее из двух частей или увеличенное в два раза. Наглядны и понятны, например, двойной кофе или двойная порция. Двоякий — это такой и эдакий, условно говоря, или, как отмечают словари, имеющий два проявления, два воплощения, два вида. Прилагательное часто используется при указании на неоднозначность: двоякое впечатление, двоякое толкование. Кавычки, как представляется, не обязательны, впрочем, если важно подчеркнуть точность цитируемого, то поставьте их в нужном месте.

Использование "вертикального многоточия", как и удвоенного (утроенного) восклицательного знака находится за рамками правил русского правописания. Если Вы используете эти знаки на письме, Вы должны отдавать себе отчет в том, что такие написания не соответствуют письменным нормам русского литературного языка (то же самое касается смайликов и некоторых других небуквенных письменных знаков).

В то же время нарушение норм литературной письменной речи (орфографических, пунктуационных, грамматических) не всегда следует квалифицировать как ошибку. Очень часто это лишь способ воплощения авторского замысла, авторской идеи. В частности, приведенный Вами пример пунктуационного оформления выглядит весьма органичным.

Оба варианта допустимы.