Все три варианта корректны, но первый уместен только в разговорной и публицистической речи.
Да, в этом слове выделяется приставка наи-.
Запятые стоят верно.
Возможные варианты: между валежником, среди валежника.
В значении 'находиться в рабочем состоянии' по отношению к часам используются оба глагола: идти и ходить. Поэтому оба сочетания возможны. Есть небольшой нюанс: глагол ходить обычно используется, если речь идет о приспособлениях и механизмах, основанных на движении вперёд — назад или вверх — вниз. Поэтому сказать о настенных часах с маятником часы перестали ходить более естественно, чем, например, об электронных часах, встроенных в какой-либо прибор.