Действительно, между этими двумя рекомендациями есть некоторое противоречие. Однако обратим внимание, что во второй группе примеров все дефисные конструкции стоят на втором месте, т. е. выполняют функцию определения. В первой группе примеры различаются: студент-медик — альпинист имеет обратный порядок компонентов, а оставшиеся два — такой, как в предыдущей группе. Это может иметь значение, поскольку альпинист здесь является приложением к конструкции с приложением (медик), а это требует паузы при произнесении и постановки знака тире. В остальных случаях, на наш взгляд, тире можно не ставить.

Добавим, что за разъяснениями приведенного Вами правописного решения Вы можете обратиться непосредственно к авторам «Русского правописания с комментариями» (их электронные адреса есть на сайте Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН в разделе «Сотрудники») и всё узнать, так сказать, из первых рук.

Правило передачи иноязычных слов состоит в наиболее близком звуковом соответствии языку-источнику, поэтому из предложенных Вами вариантов больше всего подходит референс-лист (the reference list). При этом сложные слова в русском языке не пишутся с пробелом, поэтому следует использовать дефис.

Да, запятые нужны. В соответствии с правилами пунктуации определения являются однородными в том числе в случаях, если „представляют собой художественные определения: Одни кузнечики дружно трещат, и утомителен… этот непрестанный, кислый и сухой звук (Т.); Его бледно-голубые, стеклянные глаза разбегались (Т.); Старуха закрыла свинцовые, погасшие глаза (М. Г.); то же при употреблении определения-прилагательного в переносном значении: круглые, рыбьи глаза мальчика; тонкие, журавлиные ноги“. В приведенном Вами контексте определения темная и беспощадная объединены общим признаком 'производящие впечатление чего-то неприятного, пугающего'.

Совершенно согласны с Вами.

В предложенном Вами наименовании нарушена лексическая сочетаемость. Корректно: экскурсия по местам, связанным с жизнью и работой видного деятеля.

При ответе на вопрос 319187 мы процитировали фрагмент справочника «Орфография и пунктуация» Н. С. Валгиной и В. Н. Светлышевой (М.: Высшая школа, 1994): «Исключения: слова, которые без не не употребляются: никем непобедимая страна, ни для кого непостижимый случай, ни при каких условиях неповторимый опыт». Однако согласимся с Вами: в действительности слово постижимый достаточно употребительно (Тайны природы могут быть постижимы тогда только, когда мы смотрим на них просветленным зрением души... [Н. А. Полевой. Блаженство безумия (1833)]; Высшие загадки бытия, если они вообще постижимы для человеческого ума, требуют иного вооружения, чем только расчет и эксперимент… [И. А. Ефремов. Час быка (1968–1969)] и т. п.).

Поэтому корректно: не постижимый разумом.

В приведенном Вами фрагменте два предложения. Их можно разбить на два абзаца, но можно и объединить.

Солидарны с Вами в рассуждениях и выбираем третий вариант — с тире.

Согласны с Вами. Совокупность действий и мероприятий не может что-либо организовать.

Подлежащее, присоединяемое сочетанием а затем и, связано со сказуемым, что проявляется, например, в форме числа этого сказуемого. Так, в одном из приведенных Вами примеров сказуемое одобрили явно относится не просто к первому подлежащему кабинет министров, а к соединению двух подлежащих — кабинет министров, а затем и парламент; запятая после подлежащего парламент нарушает синтаксическую связь между ним и сказуемым.

В параграфе 12.7 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя есть правило: «После однородного члена предложения, присоединяемого союзом а также или а то и, запятая не ставится, т. е. он не обособляется: Всеобщая грамотность населения, а также широкая пропаганда научных знаний должны способствовать неуклонному росту культуры в нашей стране; Бывает трудно, а то и невозможно сразу разобраться в подобной ситуации». Союзное соединение а затем и выражает те же отношения факультативного присоединения, что и а также и а то и, поэтому правило можно применить и здесь.