Брюки - не парный предмет (в отличие от ботинок). Правильно: двое брюк.
Согласно толковым словарям русского языка, значение слова штаны шире, чем значение слова брюки. Штаны – одежда, покрывающая нижнюю часть туловища и каждую ногу в отдельности. Брюки – верхняя одежда, покрывающая ноги и нижнюю часть туловища; верхние штаны. Иными словами, не каждые штаны можно назвать брюками.
Здесь верно: надеты. Но: мужчина был одет в...
У слов, которые имеют формы только множественного числа, род не определяется.