Вы написали верно: неизученные и плохо изученные берега.
Запятые не нужны, верен первый вариант.
Эти слова синонимичны в значении 'заботливо, внимательно, аккуратно, тактично', ср. возможные варианты: он бережно накрыл ее одеялом и он осторожно накрыл ее одеялом; бережно обращаться со старинной вазой и осторожно обращаться со старинной вазой. Однако слово осторожно имеет также значение 'очень осмотрительно в своих действиях, поступках; сдержанно, слабо, нерезко', например: он осторожно заглянул в окно (нельзя сказать: он бережно заглянул в окно), а кроме того, употребляется как возглас предупреждения, предостережения: осторожно, машина! осторожно, окрашено!
Корректен вариант с родительным падежом.
Нет, кавычки не нужны.
Речь идет о степени или уровне безопасности, поэтому правильно: высокая степень безопасности или высокий уровень безопасности.
Верно: Вдруг они, сговорившись, улетают прочь от берега.
Вводное слово как обычно обособляется: Сережа, как обычно, сидел в углу дивана.
Запятая в обоих случаях нужна. Расхождение в ответах могло быть связано с недостаточно четким описанием подобных пунктуационных ситуаций в правилах. Однако руководствоваться следует такой рекомендацией: пояснительные члены предложения (в том числе определения), вводимые союзами или, то есть, следует обособлять. Ср. с таким примером Д. Э. Розенталя: Отметим два вида возбуждающей, или входной, функции. Ответы на вопросы № 292575, 290853 уточнены.